Metal Gear Solid Portable Ops nás zavede do roku 1970. Naked Snake aka Big Boss se ujal velení speciální jednotky FOX
, která však velmi záhy důvěru svého velitele zradila, vymkla se kontrole a zřídila si středisko na obsazené vojenské základně kdesi v jihoamerické džungli (poloostrov s něžným názvem La Peninsula de los Muertos, čili poloostrov mrtvých). Společně s tím členové jednotky FOX vyfoukli CIA před nosem pár jaderných hlavic, které hodlají poslat směr Sovětský Svaz – to aby pošťouchli události doposud nechutně studené války směrem ke konfliktu poněkud žhavějšímu.